রাজনীতি করতে গিয়ে বাবর বিএনপি জামাত জোটের আমলে ৩৭ বার কারা বন্দী হয়েছেন। তাছাড়া এমন এমন দিন গেছে জেল থেকে মুক্তি পেয়েই আবার পরেরদিন সকালে আবার গ্রেফতার করেছে। তবুও বাবর সংগঠনের হাল ছাড়েনি।
বিএনপি জামাত জ্যট বিরোধী আন্দোলনে চট্টগ্রামে হেলাল আকবর চৌধুরী বাবরের নেতৃত্বে ছাত্রলীগের আন্দোলনে সক্রিয় ভূমিকা রেখেছে। বাবর কোন সময় বিএনপি জামাতের সাথে আতাঁত করেনি। চট্টগ্রামে শিবিরের দূর্গখ্যাত চট্টগ্রাম কলেজ, মহসিন কলেজ বঙ্গবন্ধুর ছবি সম্বলিত ব্যানার ফেষ্টুন লাগিয়ে জয় বাংলা শ্লোগানে মুখরিত করে জামাত শিবিরের শক্ত ঘাটি ভেঙ্গে দিয়ে শিবির সন্ত্রাসীদের বিতারিত করতে সক্ষম হয়ে এই হেলাল আকবর চৌধূরী বাবর। এদিকে সাম্প্রতিককালে নগরীর সি আর বি এলাকায় আধিপত্য বিস্তার নিয়ে একটি জোড়া খুনের ঘটনা ঘটেছিলে সে মামলায় ষড়যন্ত্রমুলক ভাবে হেলাল আকবর চৌধুরী বাবরকে আসামী করা,হয় কিন্তু পিবিআই তদন্ত করে দেয়া মামলার চার্জশীটে স্পষ্ঠ বলেছেন এ ঘটনায় বাবর জড়িত নয়, এবং তাকে মামলা থেকে অব্যাহতি দেবার জন্য সুপারিশ করেছেন। সেদিন সিআরবির ঘটনায় বাবর দলীয় কোন্দলের বলি হয়েছিলেন। খোজ নিয়ে জানাগেছে চট্টগ্রাম মহানগরীতে অতীত থেকে যারা বিএনপি জামাতকে সাহায্য করে এসেছে তাদের কথা বলতে সবাই ভয় পায়, কারণ আওয়ামীলীগ এর রাজনীতিতে তাদের অতীত ইতিহাস স্বচ্ছ নয়। এ প্রসঙ্গে কেন্দ্রীয় যুবলীগনেতা হেলাল আকবর চৌধুরী বাবর বলেন,১৯৭৫ পরবর্তী সময় থেকে ২১ বছর আওয়ামীলীগ বা তার অংগ সংগঠনের যে সব নেতাকর্মীরা সক্রিয়ভাবে রাজপথে ছিলো তারা এমন কেউ কি আছেন? যিনি মামলা হামলার স্বীকার হয়ে জেলজুলুম সয্য করেনি, আমি বলবো যারা ঐ সময় মামলা হামলার স্বীকার হয়নি তারা মায়ের বুকে ঘুমিয়েছে। বর্তমানে চট্টগ্রামের মশৃন রাজপথে যারা নেতা নামে পরিচিত তারা বাবর বা তার বন্ধুদের মতো কতটুকু ত্যাগ দিয়েছেন? সেই সব দিনগুলোতে খেয়ে না খেয়ে সিনিয়ার নেতাদের নির্দেশমতো আমি বাবর নেতা কর্মীদের নিয়ে রাজপথে ছিলাম। ভবিষ্যতেও থাকবো। বিএনপি জামাত এর সাথে লিয়াঁজু করি নাই করবো না। সাবেক কয়েকজন ছাত্রলীগ নেতা বলেন,ব্যাক্তি স্বার্থে যে জনগনের জানমালের ক্ষতিসাধন করছে, যার কোন রাজনৈতিক পরিচয় নেই, তারা বাবরকে নিজের স্বার্থহাসিলের জন্য সন্ত্রাসী বলে। রাজনৈতিকভাবে যারা মামলার আসামী তারা সন্ত্রাসী কি করে হয় তাতো বুঝিনা? রাজনীতি করতে গিয়ে বাবর বা তার বন্ধুরা তাদের কারো বাপ দাদার ভিটা মাটি উদ্ধার করতে রাজপথে গিয়ে মামলা হামলার স্বীকার হয়নি, বঙ্গবন্ধুর আওয়ামীলীগকে ক্ষমতায় অধিষ্ঠিত করে জনগনের অধিকার আদায়ের জন্য রাজপথে আন্দোলন করেছে, এবং মামলার স্বীকার হতে হয়েছে। বাবরের রাজনীতি শুরু হয়েছে চট্টল বীর এবিএম মহিউদ্দীন চৌধুরীর হাত ধরে।বাবর এবিএম মহিউদ্দীন চৌধুরীর একান্ত বিশ্বস্ত কর্মী হিসাবে প্রমানিত ও পরিচিত।